兩岸關係陷入僵局，兩岸學術交流也遭到限縮，據指出，馬政府後期，就有移民署或陸委會官員頻繁到場「點名」的情況，但蔡政府上台以來，除了點名，還出現簽證被刁難，有大陸地方台辦官員就講氣話，「乾脆都停止（往來）好了！」

淡江大學上月底邀請中國社科院美研所所長倪峰訪台交流，據指出，倪峰的簽證拖到最後一刻才通過，讓行程差一點取消，也讓學者議論，這是否為蔡政府阻撓兩岸學術交流的小動作。

負責兩岸交流業務的世新大學通識教育中心主任李功勤5日受訪指出，在馬政府後期，就有海協會官員向他反映，我政府人員對行程管控嚴格，感覺不被尊重；但李功勤注意到，蔡政府上台這一年以來，除了頻繁「點名」，還出現簽證被刁難的情況。

李功勤表示，世新大學本來在5月要邀請一個遼寧經濟訪問團，該團除了大學領導，也安排幾位地方台辦，規畫到校探望陸生，但地方台辦人員的簽證在申請時，被台方刁難，最終行程被迫取消。

李功勤說，國安會前秘書長蘇起的書中曾指出，早在李登輝時代蔡英文擔任國安小組成員時，就顯現出不贊成跟大陸交流的態度，這一年來蔡在施政上，可以說印證了自己的心聲。他也透露，因為簽證受阻，大陸地方台辦官員還講氣話，「乾脆都停止（往來）好了！」。